「Ａ」ディスクまたはそのパーティションをバックアップした「Ｂ」ディスク上のものとミラーリングするマイクロソフト公開のフリーソフト「SyncToy」というのがあります。

シニアのパソコン便利帳に紹介した「Macrium Reflect Free」（ハードディスク丸ごとバックアップソフト（その１）2010/06/19 付け）、や「Paragon Backup & Recovery Free Edition」（ハードディスク丸ごとバックアップソフト（その２）2010/07/12 付け）とは異なり、ハードディスク内の任意パーティションの複数フォルダーやファイルを一挙に指定してそのまま外付けハードディスク等にミラーリングするソフトです。
上記ハードディスク丸ごとバックアップソフトは何れもハードディス全体又はパーティション単位で丸ごと圧縮バックアップするのに対して、SyncToy は指定した部分だけを非圧縮でミラーリングするものです。「ミラーリング」というのは鏡のようにそっくり同じ内容にすることですが、単に同じ内容と言っても、３つのコースがあります。

つまり「Ａ」ディスクにあるものと、「Ｂ」ディスクにあるものを比較した後
(1) Synchronize
何れか最新のものに双方共揃えるだけでなく、「Ａ」ディスクにあって「Ｂ」ディスクに無いものは「Ｂ」に追加し、更に「Ａ」に無くて「Ｂ」にあるものは「Ａ」に追加する。また、「Ａ」で名前変更したものは「Ｂ」でも変更し、「Ｂ」で名前変更したものは「Ａ」でも変更します。
(2) Echo
「Ｂ」を「Ａ」の新しいものに合わせる。つまり、「Ａ」「Ｂ」共にあるものは「Ａ」側の更新日時が新しければ「Ｂ」にコピーし、「Ｂ」の方が新しければそのまま。「Ａ」に無くて「Ｂ」にあるものは「Ｂ」から削除しますが、「Ｂ」で削除したものを「Ａ」から削除はしません。「Ｂ」から「Ａ」へのコピーは一切やりません。「Ａ」で名前変更したものは「Ｂ」でも変更しますが、「Ｂ」で名前変更しても「Ａ」には反映しません。
(3) Contribute
基本的には Echo に同じですが、「Ｂ」からの削除は行いません。

一度反映させるフォルダー、ファイルの選択と反映先の設定をするとそれが保存され、次回からはその設定でミラーリングを行います。

私はこれをアプリで作り出したデータは常に特定のパーティションに保存しておいてこれを SyncToy の Echo を使って定期的にバックアップしています。バックアップする必要のないフォルダーやファイルもかなりあるので一度取捨選択しておくと後は何もしなくてもその設定でやってくれるので楽です。

ダウンロード：http://www.microsoft.com/download/en/details.aspx?id=15155
（英語版のみ）
使い方は下記参照（日本語です）
http://news.mynavi.jp/articles/2011/05/06/synctoy/index.html